В подчинении пограничных органов находятся пограничные войска; другие управления (отделы) федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности, осуществляющие отдельные полномочия данного органа или обеспечивающие деятельность органов федеральной службы безопасности и пограничных войск (другие органы авиационные подразделения, центры специальной подготовки, подразделения специального назначения, предприятия, образовательные учреждения, научно-исследовательские, экспертные, судебно-экспертные, военно-медицинские и военно-строительные подразделения и иные учреждения и подразделения, предназначенные для обеспечения деятельности федеральной службы безопасности. Территориальные органы безопасности, органы безопасности в войсках, пограничные органы и другие органы безопасности являются территориальными органами федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности и находятся в его прямом подчинении. Федеральный орган исполнительной власти в области обеспечения безопасности, территориальные органы безопасности, органы безопасности в войсках и пограничные органы могут иметь в своем составе подразделения, непосредственно реализующие основные направления деятельности органов федеральной службы безопасности, управленческие и обеспечивающие функции.