(в ред. Федерального закона 2. Порядок создания, реорганизации и ликвидации федеральных высших учебных заведений определяется Правительством Российской Федерации, если иное не установлено федеральными законами и указами Президента Российской Федерации. (в ред. Федерального закона Органы государственной власти субъектов Российской Федерации вправе осуществлять управление высшими учебными заведениями, находящимися в ведении субъектов Российской Федерации по состоянию на 31 декабря 2004 года, реорганизацию и ликвидацию указанных высших учебных заведений.

При создании федеральных университетов Правительство Российской Федерации учитывает предложения органов законодательной и исполнительной власти субъектов Российской Федерации, подготовленные на основании программ социально-экономического развития субъектов Российской Федерации. Развитие федеральных университетов осуществляется в рамках программ, одобренных Правительством Российской Федерации и предусматривающих условия осуществления и критерии оценки эффективности образовательного процесса, интеграцию образовательной и научно-исследовательской деятельности, модернизацию и совершенствование материально-технической базы и социально-культурной инфраструктуры, интеграцию в мировое образовательное пространство.